Trois ans après les aventures vécues en compagnie de Kim et de ses compagnons, Manon, de retour sur Terre, obtient son diplôme d'agent spécial de l'ONU. Ailleurs, dans l'espace, une station en orbite autour de la Terre observe avec inquiétude l'arrivée d'un vaisseau spatial d'origine inconnue qui s'immobilise soudainement au-dessus de notre planète. L'ONU fait appel aux forces spéciales : Manon se retrouve engagée dans une mission périlleuse en compagnie d'une troupe d'élite qui les conduira jusqu'à la planète Neptune où se dissimule un autre vaisseau, immense, à bord duquel des humains semblent prisonniers. Mais, une fois à bord, rien ne va se passer comme prévu et très vite, la situation dérape... Heureusement pour Manon, elle pourra compter sur l'aide d'une experte des missions périlleuses : Kim Keller.
