Dans le monde de Golem Hearts, des créatures connues sous le nom de golems se sont intégrées à la société, effectuant toutes sortes de tâches. Ces golems ont été créés par des "érudits en sorcellerie" très respectés et obéissent sans réserve aux ordres de leurs maîtres humains. Noah est un érudit en sorcellerie qui s'efforce de devenir le deuxième meilleur de son espèce. À cette fin, il parcourt de nombreuses régions pour étudier des golems uniques à travers le monde. Ce voyage le mène vers une certaine île, où il rencontre une fille nommée Mary et son golem Murray. Au fur et à mesure que les deux se familiarisent, nous commençons à découvrir qu'il peut y avoir plus à Noé que ce que l'œil ne voit.
