Em um futuro próximo, onde humanos foram derrotados pelos parasitas virais conhecidos como Gastrea, todos foram exilados para um pequeno território e vivem em desespero, lado a lado do terror. Neste mundo envolto em trevas, Rentarou, um garoto vivendo perto de Tóquio, membro da “Segurança Civil”, uma organização especializada em combater Gastreas, é usado para completar missões perigosas. Sua parceira é Enju, uma garotinha precoce. Eles lutam graças a seus poderes peculiares até que um dia recebem uma missão especial do governo. Essa missão Ultra-Secreta é para evitar a destruição de Tóquio.
